萨斯喀彻温大学物理与工程物理理学硕士是在萨斯卡通面授、预计两年完成的论文型研究学位。学生持续注册PHYS 994论文研究，完成至少十二学分研究生课程、PHYS 990研讨、GPS 960研究伦理与诚信以及适用的人体或动物研究伦理课程，最后提交并口头答辩论文。学位研究可偏重物理，也可在论文具有充分工程重点时授予工程物理方向的M.Sc.；具体名称和项目计划应由导师、咨询委员会与学术单位按研究内容确认，不能仅凭个人职业偏好自行转换。
研究方向包括大气与空间物理、先进材料与数据研究、同步辐射、亚原子物理、等离子体、太阳地球物理以及核材料与嬗变，并可使用加拿大光源同步辐射设施、等离子体物理实验室、空间与大气研究平台和亚原子研究资源。课题可能涉及卫星遥感、雷达、加速器、量子材料、纳米器件、高性能计算、核与粒子探测、光谱或理论模型。设施名称不等于每名学生都能获得固定机时、样品或设备；研究问题必须与导师专长、实验室容量、经费、数据、许可和两年范围相匹配。
高质量物理研究要把理论、测量、计算和不确定性放在同一证据链中。实验课题应规定校准、背景、对照、重复、仪器状态、采集参数、误差传播和停止规则；计算课题应保存方程、近似、边界条件、代码、版本、随机种子、收敛和独立验证；观测研究还须说明传感器、反演、缺测、时空覆盖和偏差。使用激光、高压、真空、低温、辐射、磁场、等离子体、化学品或远程设备时，学生必须先完成培训并遵守访问、联锁、防护、数据和事故报告要求，任何异常都不能为赶进度而隐藏。
项目鼓励申请人在提交前联系研究匹配的潜在导师，但导师预先批准不是形式上的硬性申请条件；若申请完成后仍未确认导师，档案会由教师审阅，只有能成功匹配监督者时才可推进录取。项目全年接受申请，没有固定截止日。符合条件的学生可获得由奖学金和导师研究经费组合的支持，但额度与条件按个人安排确定。毕业生可继续博士，或进入政府、大学、同步辐射与科研设施、能源、电子、航空航天、通信、遥感、材料、医疗技术和研究咨询岗位；学位不会自动授予专业工程师、医疗物理或其他受监管资格。申请人应在递交前核对导师研究主题、可用设施、资金条件和预计开学时点，避免把研究兴趣清单误作已承诺的课题。
