萨斯喀彻温大学生物医学工程理学硕士是一项在萨斯卡通面授、预计全日制二十四个月完成的论文型研究学位。项目把工程原理和设计概念用于医学、兽医学与相关领域的具体问题，通过至少十二学分课程、持续论文研究、研讨和论文答辩训练学生形成可审查的研究贡献。申请前必须获得研究导师批准；导师匹配、课题、经费、设施和项目容量是录取的重要组成，最低百分之七十平均分只是资格条件。学生应把它与二十四学分加项目报告的 M.Eng. 区分，不能将两种硕士的毕业成果互换。
研究方向包括生物医学科学中的生物力学、生物信息学和损伤，生物工程中的组织工程、生物材料和药物递送，以及医学影像与诊断或介入中的磁共振、同步辐射成像和影像处理。可利用实验室、研究中心和 Canadian Light Source 等平台，但实际资源由导师、设备排期、样本与数据权限、安全和伦理批准决定。论文应围绕明确知识缺口展开，而不是只完成一个原型；工程性能、生命科学机制和健康应用情境必须在同一研究逻辑中衔接，并说明何种证据仍不足以进入临床或产品决策。
研究过程需要可复现、可追踪并符合伦理。学生应预先定义问题、假设、主要结局、样本、对照、质量阈值、统计或计算方法和停止条件，记录设备校准、材料批次、数据清理、代码版本和失败实验。涉及人体、健康资料或动物时须完成适用课程并在开始前获得批准；涉及影像、同步辐射、生物材料、组织或药物递送时还要遵守设施安全、样本链和处置规则。算法结果要报告资料代表性、误差与外部验证，实验结果要区分统计、工程和潜在生物意义。
毕业生可进入医疗技术、生物材料、医学影像、健康软件、医院研究平台、政府和工程研发，也可继续攻读博士。论文训练能够证明研究问题、方法和学术写作能力，但不会自动授予 Professional Engineer 注册、医疗器械批准或临床执业权。若目标是受监管工程实践，申请人仍须核对本科教育、地区监管、经验与考试要求；若目标是患者或临床工作，还须取得相应专业资格和机构授权。高质量毕业证据应包括论文、可复核数据或代码、方法验证、风险与伦理记录，以及对个人贡献和结论边界的清楚说明。论文移交还应标明资料保管、复用许可和后续验证责任。
