萨斯喀彻温大学生物医学工程工程硕士是一项在萨斯卡通面授、预计全日制二十四个月完成的项目型 M.Eng. 学位。它把工程原理、设计方法和研究判断用于医学、兽医学及相关健康问题，但以经指导的研究项目和最终报告取代传统硕士论文。申请前必须取得研究导师批准，即使项目属于 project-based，也不能把它理解为无需导师或可完全按固定课程表自动完成的授课项目。录取还取决于学术准备、研究能力、导师容量、设施与完整申请，达到最低百分之七十平均分不保证名额。
官方研究方向分为生物医学科学、生物工程、医学影像与诊断或介入。可探索的主题包括生物力学、生物信息学与损伤，组织工程、生物材料与药物递送，以及磁共振、同步辐射成像和影像处理。学生可接触实验室、研究中心和 Canadian Light Source 等设施，但设备与课题并非入学后的自动保证；研究项目必须与导师专长、平台排期、样本和数据权限、伦理安全批准及二十四个月范围相匹配。跨医学或兽医学合作时，还要把工程指标与真实使用情境、患者或动物风险、可制造性和维护要求连接起来。
M.Eng. 要求至少二十四学分课程、BIOE 990 研讨、持续注册 BIOE 992 项目研究并提交最终项目报告。项目应从需求和证据开始，经过设计输入、方案比较、原型或分析、验证与风险评价，形成可由导师和项目审查者复核的成果。涉及人体、健康资料或动物时，须完成适用伦理训练并在收集或实验前取得批准；涉及设备、材料、辐射、软件或药物递送时，应记录安全、校准、版本、测试条件和失效模式。项目报告不能把课堂设计、实验原型或算法性能描述为已经获得医疗器械批准或临床有效。
毕业生可进入医疗技术、工程研发、成像、生物材料、质量、验证、产品开发和健康研究支持岗位，也可在具备研究准备后继续深造。M.Eng. 学位不会自动授予加拿大 Professional Engineer 注册、医疗器械监管批准、临床执业权或受保护岗位权限；申请人须依据本科工程教育、工作经验、考试、地区监管和雇主制度另行确认。项目型训练的价值在于把跨学科问题转换为可审查设计与交付证据，学生应在毕业前形成清晰的需求文件、测试记录、风险分析、项目报告和个人贡献说明，而不是只展示一个无法验证的原型。毕业交接还应说明资料保管、设计所有权和后续维护边界。
