萨斯喀彻温大学生物工程理学硕士是一项预计全日制二十四个月完成的论文型研究学位，在萨斯卡通以校内课程、实验室、田间设施和导师研究为主要培养方式。项目把工程分析、设计与测量方法用于农业、生物资源、食品、能源和环境系统，研究范围包括农业机械、耕作力学、农业与生物系统传感器、畜舍环境、土壤和水管理、废弃物处理、寒区水文、采后与食品加工、增值生物加工以及生物质和生物能源。申请人在提交正式申请前必须取得可接收学生的导师批准，因此课题、监督容量、设施、资料和经费匹配是入学判断的重要组成部分。
研究可连接 Prairie Agricultural Machinery Institute、Institute for Agricultural Rural and Environmental Health、Prairie Swine Centre、National Hydrology Water Research Center、Canada-Saskatchewan Irrigation Development Centre 和 Saskatchewan Food Industry Development Centre 等合作环境。学生可能设计机器部件与控制系统，开发光谱、机器视觉或传感方法，测量土壤水分和冷区流域过程，优化干燥、分离、加热或生物转化，也可能进行技术经济和生命周期分析。无论方向为何，都应把应用问题转化为可检验的工程需求，明确输入、边界、材料或生物变异、性能指标、对照、失效模式及放大条件。
生物工程研究同时面对工程安全、食品或生物安全、动物与人类研究伦理、环境许可和数据治理。涉及人体参与者时须完成相应伦理审批与 GPS 961，涉及动物时须完成 GPS 962；所有学生完成 GPS 960。机械、压力、热、电气、化学品、粉尘、微生物或田间设备实验还需要训练、风险评估、个人防护、锁定程序、校准和紧急响应。学生应保存设计版本、样本链、原始传感数据、设备状态、排除理由、代码和统计计划，报告失败试验与不确定性，不能用单次最佳性能替代对重复性、可靠性和边界条件的评估。
培养目标是完成一项由导师和咨询委员会监督的原创研究、形成可审查的硕士论文，并能够向工程师、科学家、生产者和合作机构解释设计选择及证据强度。项目强调将生物系统的复杂性纳入工程决策，而不是把实验室原型直接宣称为可规模化产品。毕业生可继续博士研究，或进入农业机械、食品加工、生物资源、环境与水务、传感器、清洁能源、工程咨询、政府和科研机构。学位本身不自动授予加拿大专业工程师注册或使用受保护工程称谓的资格；从事受监管工程工作仍须满足相应省级监管机构对学历、经验、考试与注册的要求。毕业前还应能把复杂结果转化为可执行的研究、设计和风险建议。
